La actividad investigadora es la principal seña de identidad de la Universidad de Cantabria, situando a la institución en una posición destacada dentro del sistema universitario español, según diversos estudios sobre calidad científica realizados por organismos oficiales. En el curso 2011/12 la UC se ha situado entre las 10 universidades españolas con mayor impacto internacional gracias a la calidad de las publicaciones y, lo que es más significativo, presenta el porcentaje más elevado de concesión de tramos de investigación por profesor.
La capacidad científica de la UC y el prestigio de sus grupos e institutos de investigación queda de manifiesto en su capacidad de captación de recursos. La financiación obtenida por la UC para la realización de proyectos de investigación en el año 2011 ascendió a 27,9 millones de euros, de los cuales el 33% del total, 9,2 millones, corresponden a trabajos realizados bajo contrato y el resto (18,7 millones) a proyectos financiados a través de convocatorias públicas competitivas. Esta cifra la coloca entre las universidades españolas líderes en captación de recursos por profesor.
La UC, al finalizar el periodo de implantación de CCI , es una de las universidades que más porcentaje de sus ingresos logra captar mediante proyectos de investigación y una de las que más porcentaje de sus gastos destina a inversiones. Es decir: tiene más autonomía de financiación y es capaz de abordar con recursos propios grandes proyectos.