El agregado comienza con la alianza de dos universidades, Universidad de Cantabria y Universidad Internacional Menéndez Pelayo, que a su complementariedad y proximidad territorial aúnan su potencial investigador y docente, y fomentan algunos proyectos nuevos como la Escuela Internacional de Postgrado, en el que participa otro socio fundamental de CCI, el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC). Los esfuerzos conjugados de las tres instituciones garantiza la puesta en marcha de programas de doctorado y máster capaces de atraer a estudiantes y profesores de todo el mundo y convertirse en una formación de postgrado de referencia internacional, plenamente vinculada a la actividad científica y de innovación profesional de excelencia.
Este sólido consorcio académico encuentra un apoyo fundamental en otra de las instituciones agregadas, el Gobierno de Cantabria, así como los órganos a través de los cuales desarrolla sus acciones, como la Sociedad para el Desarrollo Regional de Cantabria (Sodercan) o el Parque Científico y Tecnológico de Cantabria (PCTCAN), en cuyo espacio están presentes Institutos de Investigación mixtos como el Instituto de Hidráulica Ambiental (IH Cantabria), o el Instituto de Biomedicina y Biotecnología de Cantabria (IBBTEC).
El objetivo de la trasferencia de conocimiento se hace más efectiva gracias a la participación en la agregación de dos instituciones fundamentales en el tejido empresarial de la región: CEOE-CEPYME y la Cámara de Comercio de Cantabria. Cuestiones como las prácticas de los estudiantes, los diseños de los nuevos planes de estudio, la formación de las propias empresas, el fomento de la cultura emprendedora o el desarrollo de la pequeña y mediana empresa forman parte de esta estrecha relación entre universidad y representantes empresariales.
De la agregación con el Gobierno de Cantabria surge otro ámbito de acción, el portuario, donde actúan ambas universidades, UC y UIMP. Las tres instituciones, junto con la Autoridad Portuaria de Santander y Puertos del Estado, como corolario a la actividad conjunta que vienen desarrollando en Santander en los últimos años, han unido sus fuerzas para crear el Centro Internacional de Tecnología y Administración Portuaria (CITAP).
Sobre el área de Agua y Energía concurren también las actividades desarrolladas desde otras instituciones como el Instituto Español de Oceanografía y la Agencia Estatal de Meteorología (AEMET). Todo el agregado que se genera en este ámbito se culmina con la colaboración de Gobierno regional y UC con el Ministerio de Ciencia e Innovación para desarrollar una infraestructura científica singular (ICTS), el Gran Tanque de Ingeniería Marítima de Cantabria.
En el área relativa a la Medicina y la Biotecnología resulta oportuna y necesaria la agregación al CCI del Hospital Universitario Marqués de Valdecilla, por sus capacidades de referencia de formación e investigación. Para potenciarlas y coordinarlas la Consejería de Sanidad ha creado el Instituto de Formación e Investigación Marqués de Valdecilla (IFIMAV). Esta particular situación ha permitido generar todo un cluster que se beneficia de la agregación del CSIC con el que la UC ya ha creado el Instituto de Biomedicina y Biotecnología de Cantabria (IBBTEC). Sobre esta base se ha desarrollado un programa pionero en el campo de situaciones críticas: Hospital Virtual Valdecilla, desarrollado en colaboración con la Universidad de Harvard.
También con el CSIC se ha desarrollado un gran instituto de investigación en el ámbito de la Física, el Instituto de Física de Cantabria (IFCA) . El prestigio y reconocimiento internacional de los resultados de sus investigaciones en diferentes campos de la Física.
La potencialidad de las áreas de Física y Matemáticas y Tecnológico se posiciona en proyectos como los que surgen de otro potente agregado a Cantabria Campus Internacional (CCI): el Santander. Uno es la construcción en Cantabria de uno de sus Centros de Procesos de Datos (CPD), cuya actividad supone una capacidad de atracción a empresas del sector como IBM y una oportunidad de desarrollo para los ámbitos tecnológico, informático y matemático.
La Fundación Comillas es uno de los participantes claves para el desarrollo del área de Patrimonio y la Lengua. La institución suma a sus actividades formativas preferentes en el campo del español como lengua extranjera (Master ELE con la UC) una línea de investigación en el ámbito de la lengua y la cultura hispanoamericana que se vehicula a través de la Cátedra Comillas de la Universidad de Cantabria.
Sobre el patrimonio prehistórico de Cantabria se ha desarrollado una importante investigación centrada en el Instituto Internacional de Investigaciones Prehistóricas donde Universidad, Gobierno de Cantabria, Banco Santander y la Fundación Marcelino Botín han unidos sus esfuerzos. Además, ésta última desarrolla, junto con la Universidad, importantes proyectos para la gestión y difusión del Patrimonio. Una rama especial de ese patrimonio es el musical, para cuyo estudio y conservación ha creado la Fundación Marcelino Botín el Centro Documental del Patrimonio Musical de Cantabria, de manera que se complementa con la actividad de otra de las entidades participantes en Cantabria Campus Internacional: la Fundación Albéniz.
Toda la actividad formativa, investigadora y de innovación y desarrollo generada por la agregación necesita de un soporte físico adecuado, de espacios e infraestructuras que relacionen de la manera más armoniosa posible a la Universidad con el territorio donde se asienta. Para satisfacer esos objetivos, además de la planificación conjunta de los campus de la UC y la UIMP, se han formalizado acuerdos específicos con los Ayuntamientos de Santander y Torrelavega para diseñar conjuntamente un campus integrado y sostenible.